Medrese Mahallesinin kuzeyinde yer alan Zinciriye Medresesi 1385 yılında Melik Necmeddin İsa Bin Muzaffer Davut Bin El Melik Salih tarafından yaptırılmıştır. Timur ve ordusuyla mücadele etmiş olan Melik İsa bir süre bu medresede hapsedilmiştir.
Medresenin girişindeki taş işlemeler dikkat çekicidir. İki avlulu ve iki katlı olup, avlunun dışında kalan mekanlarla iyice yayılmış, dilimli kubbeleriyle uzaktan dikkati çeker. Medresede Sultan İsa Türbesi ve birçok eski kitabeler mevcuttur.
Medresenin yüksekte kurulmasının amacı, rasathane olarak kullanıldığındandır. Mihrapta kullanılan taşa, ışık vurunca taş renk cümbüşüne dönüşür. Bu yapı Müze olarak da kullanılmıştır.